Model danych WebML adaptuje typowy, konceptualny diagram związków encji, jaki wykorzystuje się w dziedzinach takich jak: projektowanie baz danych czy budowa oprogramowania. Jest kompatybilny z diagramami ERD i z diagramami klas stosowanymi w UML-u. Podstawowymi elementami modelów danych są encje, definiowane jako kontenery zawierające jednostki danych oraz relacje, definiowane jako logiczne połączenia pomiędzy encjami. Encje mają nazwane właściwości (zwane atrybutami) z przypisanymi im typami danych. Encje mogą być zorganizowane w hierarchie generalizacji a relacje mogą mieć nałożone ograniczenia. Poszczególne instancje encji są adresowane indywidualnie za pomocą unikalnych identyfikatorów (OID). OID-y stosowane w WebML-u są określeniem abstrakcyjnym, które może być implementowane dowolnie przez serwer danych, np. za pomocą kluczy głównych albo atrybutów XML ID w XML-owych źródłach danych.

Rysunek przedstawia przykład modelu danych, przedstawiający informacje o albumach muzycznych (Album), komponowanych przez artystów (Artist), o których pisane są recenzje (Review). Każdy album może zawierać kilka ścieżek (Track). Warto zwrócić uwagę, że oznaczenia krotności relacji zapisywane są odwrotnie (po przeciwnej stronie) niż w standardowych diagramach ERD.